之所以袁崇焕决意要杀毛文龙，是因为袁崇焕中了后金的反间计，得到了毛文龙勾结后金的证据，就是毛文龙给皇太极的书信，该书信见于《满文老档》，信中说：汗凡有旨来，我皆领受，无不遵行。尔取山海关，我取山东，若从两面夹攻，则大事可定矣。我毛文龙牧马登州，取南京如反掌。袁崇焕信以为真。
关于这种说法，有《国榷》卷九十的记载为证：
建虏以扼其背，甚忌之。阴通款崇焕，求杀文龙。而崇焕中其计不觉也，惜哉。
袁氏便宜从事，天下闻之，诧为奇举，居无何而郊原暴骨者如莽。袁氏身膺不道之罚，则杀岛帅适所以自杀也。才非周公，使骄且吝，又中建虏之诱，杀其所忌，能毋败乎？
等于说皇太极用计巧妙让袁崇焕得到毛文龙写给后金的书信，袁崇焕信以为真，最终下定杀毛文龙的决心。
崇祯二年（1629年）五月二十八日袁崇焕抵达毛文龙的地盘，六月初一与毛文龙会面，袁崇焕说：如今辽东海外，只本部院与贵镇二人共谋恢复辽东大业，务须同心共济，本部院不避艰险到此，希望与贵镇商量一个进取辽东之计，国家大事，在此一举。
毛文龙说：我在海外八年，屡立微功，朝中不断有奸佞说我的坏话。我东江镇粮饷缺乏，器械马匹太少，只要钱粮充足，我们一起光复辽东，亦非难事。
两人交谈了一会儿，毛文龙下令摆酒席，边吃边聊，酒席间，毛文龙喝多了，便说：关宁兵马俱无用，只用东江二三千人藏云隐雾，一把火灭了东夷！毛文龙的意思是袁崇焕手下的千军万马都没有用，有我这两三千人足矣，一句话把袁崇焕惹怒了，但袁崇焕没有当下翻脸，毕竟，杀毛文龙是既定政策，到时再翻脸不迟。
六月初三袁崇焕再次与毛文龙会面，袁崇焕说：毛帅这些年在边塞很辛苦了，我劝你回杭州老家吧，那里风景好，你养老去吧。袁崇焕的话已经很直接了，让毛文龙交出兵权。
毛文龙显然不愿交出兵权，便说：我早有此心，只要灭了女真人，我就回老家。
袁崇焕看毛文龙没明白自己的意思，又更进一步点明：这些你不必操心，会有人来代替你的。
毛文龙自信地说：东江镇还有谁能代替得了我？
袁崇焕没有接这句话，而是说：我这次来是劳军的，你手下士兵每个人赏银一两，布一匹，米一石，按人头发放。袁崇焕话里有话，按人头发放意思是让毛文龙告诉自己，你手下士兵到底有多少人。
毛文龙显然明白袁崇焕的意思，便故意瞒报说：我这里有三千五百人，明天就去领赏。实际上此时毛文龙手下有三万人。袁崇焕知道毛文龙说的不是实话，至此，双方彻底谈崩，只等着刺刀见红的那一刻了。
六月初五，袁崇焕与毛文龙第四次见面，告诉他明天自己就回宁远了，今天要在岛上看士兵比赛射箭，优者给赏。袁崇焕让部下传号令，命各营兵四面摆围。毛文龙及其随行官百余员，都被绕在围内，随行兵丁被截在营外。
至此，袁崇焕终于要行动了，他最后一次试探毛文龙，我打算把东江镇一分为二，旅顺以西归我节制，旅顺以东归你节制。
毛文龙：我还是希望整个东江镇由我来带兵，毕竟我是东江镇总兵，你我同心合力，督师您的五年复辽目标方才能成功。
袁崇焕：你的意思是如果旅顺以西归我的话，还没在你手里对于恢复辽东作用大？
毛文龙：文龙不敢坚执己意，只是因为旅顺以西仍旧由我节制更便于指挥而已。
袁崇焕这下急了：难道我不是为国？你冒功冒饷，说谎欺君，我不处置你焉能对得起当今圣上？
毛文龙：督师如果说我冒功的话，我一个牛毛寨大捷就砍下女真三百七十一颗人头，而你所谓的宁远大捷号称歼敌一万七千人，可是也不过砍下二百六十九颗女真人头，到底你我谁是冒功？
袁崇焕大怒：你还敢强词夺理？本部院披肝沥胆与你谈了三天，望你回头是岸，哪晓得你狼子野心，你目中无本部院尚可，方今天子英武天纵，国法岂能容你？来人，把毛文龙绑了！
说罢几个武士将毛文龙按倒在地，随后袁崇焕列了毛文龙十二当斩，下面咱们就看看毛文龙的这十二大罪行都有哪些。
一，祖制，大将在外，必命文臣监，尔专制一方，九年以来，军马钱粮不受核，一当斩！（按：朝廷先后数次查核毛文龙的兵马，就在崇祯元年才核查过一次，怎么就成了军马钱粮不受核了？）
二，文龙自开镇来，一切奏报，有一事一语核实否？捕零夷（后金军），杀降夷，杀难民，全无争战，却报首功。二当斩！（按：毛文龙的战功大多是兵部核准才确认，若毛文龙杀降人难民冒功，那孙承宗在奏折里说：随行关外道袁崇焕逐一查验三次，首级三百七十一颗，俱系真正壮夷是怎么回事？至于说毛文龙屡战屡败嘛，明朝方面没有任何记载说毛文龙屡战屡败，后金《满文老档》中近百次提到毛文龙，前文已详述，后金被毛文龙搞得焦头烂额。但是现在有的清史学者列了许多毛文龙的败绩，这些败绩从何而来呢？其实所谓毛文龙的败绩都是出自《清太祖高皇帝实录》，这部书是乾隆年间编修的，把所有后金方面的败仗都给写成了胜仗，乾隆年间正是篡改历史、篡改各种中华典籍的高峰，关于袁崇焕被美化就是乾隆年间的事，后面我们会讲到。你说关于毛文龙的后金方面记载，我们是该相信原始资料《满文老档》呢？还是该相信一百多年后被篡改出的秽史《清太祖实录》呢？不言自明。关于毛文龙的所有败绩都出自《清太祖实录》。）
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