皇太极在对毛文龙的作战中屡战屡败，只得遣使往东江议和。毛文龙将计就计，要皇太极派重要官员来谈判，以示对等，皇太极为表示对毛文龙的重视，派遣爱将固山额真（一个旗的一把手）可可及三个牛录额真往东江，毛文龙即将来人绑送京师。皇太极闻讯气急败坏，致书毛文龙大骂：以虚言诱致差人几名，有何好处？此后，毛文龙又多次以归顺后金为饵，甚至放出话来，尔取山海关，我取山东（这封诱敌信毛文龙同时奏报朝廷，但后来被袁崇焕搞到，由此彻底决定杀毛文龙），挑逗、诱骗皇太极派遣使臣，但皇太极都不再回信。
毛文龙的用间手段，使得后金方面寝食难安，手足相残，努尔哈赤、皇太极两代首领都曾被其玩弄于股掌之上，展现了非凡的才智与谋略。
《表忠录》记载，一次清军夜袭毛文龙，毛文龙在后金间谍众多，自然提前侦知，后金铁骑会从冰上来打毛文龙的皮岛，毛文龙于是把冰都凿漏，天气严寒，他算准冰被凿漏后不久就会被重新冻上，但无论如何都没有原先未被凿开之前冻的结实。等到八旗铁骑杀到冰面中央时，毛文龙令部下擂鼓，鼓声的共振作用使得刚冻上不久的冰面塌陷，敌军死伤惨重。事后后金军都在传这样一句话：无轻犯毛都督！
此外，据明末在华的西班牙传教士帕莱福《鞑靼征服中国史》中记载：毛文龙习葡文，并从葡人治军事学，亦闻公教忠君爱国之说，抗清诸将中，无如文龙勇毅者。
针对毛文龙的战功，汪汝淳《毛大将军海上情形》说：
全辽之失封疆几二千里，其间与奴为敌者仅沈奉两战余俱望风奔溃，未尝以一矢相加遗，以至于今。独将军自庚申（1620年）将二百余人，由三岔下海，遍历各岛，延揽同心，激奋忠勇，收双山，破镇江，孤悬绝岛者几三年，不得国家斗米尺布之济，仅以一片精忠收集辽民，依屯属国。屡以数百人于宽、镇、凤、叆间，效戚南塘设空营地炮之伏，以擒奴骑，大战小战，以力以智，不可数计。
来自敌人的肯定才是真正的肯定，你自己说你自己有多少战功是不算数的，而据女真人当时的《满文老档》记载，毛文龙的确是被《满文老档》提及次数最多的人，要比熊廷弼、孙承宗多，当然，更比袁崇焕多，其中提到毛文龙有近百次，提到袁崇焕只有十二次，如果刨去跟袁崇焕议和的信件，那就只有六次提到袁崇焕了。如此，到底谁在抵抗后金，不言自明了。
后金的诸位汉官给毛文龙写信说：
我众汉官致毛文龙书曰：今金国汗欲弃辽东之地移向本土。岂能弃其生身之地及父祖之骸骨而去耶？故我等众官商议，致书老爷乞一生路。老爷若以我等不得已而降之，被强迫而生之，怜悯于我等，则望亲书保问或札付寄来。我等若有可能，即夺一城池居之，若不能则登一千山。（《满文老档》）
可见后金局面都到了什么样子，眼看后金就要被毛文龙搞得崩溃的时候，毛文龙却被袁崇焕杀了，于是一切都结束了。
以上出自在朝在野、中国外国无数史料，都记载着：毛文龙是伟大的民族英雄。那么袁崇焕为何杀他呢？该到我们还原历史真相的时候了。
此前无论是熊廷弼、王化贞、孙承宗，都对毛文龙处于放任自流的状态，他打得不错，走私就走私吧，但袁崇焕则不然，他要将东江列入自己五年复辽的战略中，决定让毛文龙听自己的指挥，而早在伊始，袁崇焕就对毛文龙动了杀心。崇祯元年七月袁崇焕还在京城时就对大学士钱龙锡说：（毛文龙）可用则用之，不可用则杀之。在袁崇焕眼里，不管你对抗击后金是不是起作用，收复辽东必须听我的，只有一切都按我说的做，我才能五年复辽，如果不能五年复辽，我杀了祖大寿、赵率教等三人后就要去领死，既然如此，现在谁要是不在我的通盘部署中，我就先杀了谁。
为了彻底让毛文龙听自己招呼，袁崇焕下令凡是运往东江的钱粮，不再由登州、莱州出海，而是经过袁崇焕控制的山海关，然后再运往东江。此外袁崇焕下令对登州、莱州实行海禁，所有要去往东江的船只必须归袁崇焕节制。事实上登州莱州的东西到了袁崇焕那里后都被袁崇焕扣押，毛文龙得知消息后说：此乃拦喉切我一刀，必定立死！
一连八个月的东江粮饷都被袁崇焕扣押，毛文龙派人到宁远与袁崇焕交涉，袁崇焕一看，你终于派人来了，他便将十艘船的粮食、猪羊、金银和酒拨给毛文龙。但如果东西总是被袁崇焕扣押，毛文龙再派人来交涉也不是办法，于是崇祯二年（1629年）五月，毛文龙亲自来宁远与袁崇焕见面，双方的会谈在亲切友好的气氛中进行，两人约定一个月后在毛文龙的地盘相见。此时袁崇焕早已安了杀心，因为据袁崇焕杀毛文龙后的奏折里说：去年（1628年）十二月，臣安排已定，文龙有死无生矣。但袁崇焕知道，如果在宁远杀害毛文龙，那么毛文龙东江镇的那些人要么投敌，要么就会作鸟兽散，只有在毛文龙的地盘上干掉毛文龙，袁崇焕才能善后。
在北京的时候袁崇焕还说毛文龙可用则用之，不可用则杀之，为什么此时袁崇焕彻底要干掉毛文龙呢？是袁崇焕嫉恨忠良吗？显然不是，袁崇焕虽然在军事上远远算不上战略家，也曾随大流歌颂魏忠贤，但就本性而言，可以说是个好人，中国历史上，身为知县，在百姓家房子着火时上房救火的只有他一个人。
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