处境不妙，遭人误会，长官被捕，祖大寿决定率部出走。十二月初四日清晨，祖大寿带着关宁铁骑离开京师，向山海关进发。敌人兵临城下，你去山海关干什么？一句话，祖大寿反了！
其实，就在袁崇焕下狱的第二天，十二月初二日，当时也在平台受召的兵部职方司官员余大成就提醒兵部尚书梁廷栋（明朝同时担任一个部门尚书的有时不只一人）：现在敌寇如此嚣张，关宁铁骑的主将被关押，再打下去不是战败也是溃退了，现在应该释放袁崇焕以安军心，让袁崇焕戴罪立功。
梁廷栋：关宁铁骑有祖大寿在，祖大寿很能打，怎么可能溃败？
余大成：覆巢之下无完卵，袁崇焕一开始入狱时，祖大寿可能以为是误会，没几天袁崇焕就会被释放，几天下来他就会知道上意不可挽回。袁崇焕与祖大寿功罪都分不开，袁崇焕已经被关押了，祖大寿能放心吗？他不造反还等什么？（余大成《剖肝录》）
果然，事情被余大成说中了。
崇祯得知消息后，深为震动，余大成提议说祖大寿就是怕袁崇焕的事牵连到自己，此时只要有袁崇焕的手书，就能让祖大寿回来，崇祯没有别的办法，只好命余大成请袁崇焕写亲笔信。
袁崇焕已经被押入大牢了，自然是一肚子怨气，所以不愿意写，余大成说：袁公您孤忠请俎，只手擎辽，生死靠的都是命，您把脑袋别在裤腰带上的日子已经很久了。天下之人，莫不佩服袁公您的忠义，体谅袁公您的爱国之心。苟利于国，不惜发肤，死于敌人之手与死于国法之下，哪个更好？现在圣上并没对您的情况定性，请您好好考虑吧！
袁崇焕最终还是写了这封信，劝祖大寿回来，祖大寿看了老长官的信，最终回心转意。崇祯得知后更不高兴，袁崇焕的部下只听袁崇焕的不听我的，这更坚定了他除掉袁崇焕的决心。
就在袁崇焕被押入大牢的这些天，皇太极在干什么呢？皇太极制造了反间计后的第二天，就从北京城下撤走了，他派阿敏率兵攻陷了永平、遵化、滦州、迁安。
其中攻永平时守将明朝户部郎中陈此心投降，他以父母年老为借口请求回故土。皇太极居然恩准。陈此心说：感皇上不杀之恩，自当竭力图报，臣决心彻底跟随您。然而不久陈此心要逃走，他被抓住后，群臣都主张杀他，皇太极却平静地说：朕不杀你，随你去吧。与其父努尔哈赤相比，皇太极显然是个宽容而不好杀的人，在此赞一个。
永平、遵化、滦州、迁安四城失守后，崇祯派孙承宗带兵收复，孙承宗毕竟原来是袁崇焕的领导，指挥祖大寿当然更好使，接受孙承宗指挥收复永平四城的部队除了祖大寿的关宁铁骑外还有一支由一个川妹子所带领的部队;白杆兵。
白杆兵是因为手持白杆枪而得名，白杆枪是用结实的白蜡树（天津的市树）做成长杆，上配带刃的钩，下配坚硬的铁环，作战时，钩可砍可拉，环则可作锤击武器。白杆兵的统帅是重庆女人秦良玉，秦良玉是中国历史上唯一不在列女传出现的（她出现在《明史》将相类列传）称得上女军事家的人。关于一个女人从川妹子到军事家的涅槃的详情，我们后面再说，此处先说她与后金的作战。此番已不是她第一次跟后金作战，前文沈辽之战中，秦良玉派其兄秦邦屏、秦邦翰与其弟秦民屏率数千精兵从重庆出发，参与保卫东北的战役，沈辽之战，秦氏兄弟率白杆兵血战八旗兵，大战中杀八旗兵数千人，由于众寡悬殊，秦邦屏、秦邦翰力战死于阵中，秦民屏浴血突围而出，两千多白杆兵战死。
此番己巳之变，崇祯召天下各路兵马进京勤王，秦良玉从重庆星夜兼程赶往京师，并拿出自己的全部家产作为军饷。在收复永平、遵化、滦州、迁安的战役中，孙承宗用红夷大炮炮轰城池，几十炮下来，城墙就被炸塌了，然后祖大寿率关宁铁骑，秦良玉率白杆兵冲锋。秦良玉手舞白杆长矛，好似瑞雪飞舞、梨花纷飘，锋刃所过之处，后金骑兵纷纷身首异处，一战即胜，就这样把这四座城池全部收复。阿敏在城池即将被明军收复前把城内投降后金的汉人全部杀死，然后带兵逃跑。
皇太极一看，据守城池是没戏了，孙承宗和祖大寿太厉害，干脆咱们趁着孙承宗和祖大寿一时半会儿无法回师北京城下（红夷大炮太重，不方便运输），咱们再杀回去，于是皇太极便亲统大军回师北京城西南的卢沟桥，十二月十七日发起永定门之战，此时孙承宗和祖大寿都没能赶回来，崇祯慌了。
还好此前袁崇焕还在广渠门作战时，翰林院官员推荐一个叫申福的游僧，说这个人会制造战车，崇祯就让他来造战车，此时战车造得差不多了，崇祯便让他出战。申福带着许多和尚、流氓、乞丐组成战车队出城，战车队武器包括独轮火车、兽车、木制西式枪炮等等，突然间皇太极一声令下，八旗铁骑冲向战车队。申福催促战车前进，可是推车的这帮人见铁骑冲来，赶紧撒腿就跑。八旗铁骑从马上挥舞大刀和战斧将战车纷纷砍倒，把申福手下这帮人就像削瓜切菜一般纷纷砍杀，申福也战死。
这些人太不靠谱，崇祯急忙派满桂、黑云龙率军四万出战，杀得昏天黑地，一直打到天黑。皇太极看一时难以取胜，便让部下穿上明军军装，趁着黑夜混进明军军阵。满桂不曾防备，误以为来的是城内援军，结果满桂被杀，黑云龙被俘，但后金军最终也没能攻破北京城。
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